Computer methods for determining Mnemiopsis leidyi motility characteristics
Компьютерные методы определения характеристик движения Mnemiopsis leidyi
Компьютерные методы определения характеристик движения Mnemiopsis leidyi
Дата
2022
Авторы (alternative)
Название журнала
Номер ISSN
Название тома
Издатель
Аннотация
The paper considers capacities of common computer programs for analyzing the behavioral reactions to light of ctenophores, marine planktonic animals, under laboratory conditions. We showed that most image analysis programs do not automatically determine body contours of translucent objects, such as ctenophores. We developed a new method for determining basic motility characteristics of Mnemiopsis leidyi using ImageJ, Davinci Resolve video filters, and scripts written by the us. The developed method allows automatic calculating of such parameters as average and maximum speed, changes in direction of movement (locomotion vectors), and the percentage of time animals spend in certain regions of interest (ROI). The average speed of ctenophore movement was estimated in millimeter scale with high precision. The method is applicable for studying the behavior of various translucent marine animals. Computer scripts are available by request from the authors.
Аннотация (alternative)
Рассмотрены возможности основных современных компьютерных программ для анализа поведенческих реакций гребневиков, морских планктонных животных, в лабораторных условиях. Показано, что автоматическое определение контуров полупрозрачных объектов, таких как гребневики, недоступно в большинстве программ для анализа изображений. Разработан новый метод определения основных характеристик движения Mnemiopsis leidyi с помощью программы ImageJ, видеофильтров приложения Davinci Resolve и написанных авторами исполняемых программных кодов. Этот метод позволяет автоматизировать расчёт таких параметров, как средняя и максимальная скорость, изменение направления движения (векторы передвижения), процент времени, в течение которого животные находятся в определённых зонах интереса (regions of interest, ROI). Приведены значения средних скоростей движения гребневиков. Разработанный метод применим для изучения поведения различных полупрозрачных морских животных. Исполняемых программные коды доступны по запросу у авторов.
Ключевые слова
Mnemiopsis leidyi, ctenophore, migration, motility characteristics, image analysis tools, ImageJ, wrMTrck_Batch, regions of interest (ROI), threshold
Библиографическое описание
Baiandina Iu. S., Kuleshova O. N. Computer methods for determining Mnemiopsis leidyi motility characteristics // Морской биологический журнал. - 2022. - Т. 7, № 4. - С. 3-13. https://doi.org/10.21072/mbj.2022.07.4.01